Komitet Wojskowy UE (EU Military Committee – EUMC). To najwyższe ciało wojskowe UE, stanowiące forum konsultacji krajów członkowskich w sprawach wojskowych. Komitet dostarcza rekomendacji wojskowych dla PSC. Prace Komitetu wspiera Grupa Robocza Komitetu Wojskowego (EUMC Working Group). W spotkaniach EUMC, które odbywają się raz w tygodniu, uczestniczą wojskowi przedstawiciele państw członkowskich.

Sztab Wojskowy UE (EU Military Staff – EUMS). Jest to ciało odpowiedzialne za proces planowania strategicznego na szczeblu politycznym, podległe Komitetowi Wojskowemu UE. W skład Sztabu wchodzi Komórka Cywilno-Wojskowa, której zadaniem jest pomoc w planowaniu i prowadzeniu operacji reagowania kryzysowego UE, zwłaszcza tych wymagających koordynacji zdolności wojskowych i cywilnych. Komórka ma możliwości utworzenia w krótkim czasie Centrum Operacyjnego, zdolnego do samodzielnego dowodzenia wybraną operacją.

CPCC (Civilian Planning and Conduct Capability). Jest to komórka (ok. 60 osób) utworzona w sierpniu 2007 r. w ramach Sekretariatu Rady, odpowiedzialna za planowanie i prowadzenie cywilnych operacji zarządzania kryzysowego UE. Dyrektor CPCC, jako Dowódca Operacji Cywilnych, sprawuje dowodzenie i kieruje wszystkimi operacjami cywilnymi UE na poziomie strategicznym.

W grudniu 2008 r. J. Solana zaproponował utworzenie nowego Dyrektoriatu planowania polityczno-strategicznego, skupiającego między innymi cywilnych i wojskowych planistów, którzy będą odpowiedzialni za planowanie unijnych operacji reagowania kryzysowego. Nowa komórka powstanie na bazie obecnych Dyrektoriatów zajmujących się cywilnym i wojskowym zarządzaniem kryzysowym. Ma zapewnić lepszą współpracę dotychczas odrębnych struktur cywilno-wojskowych oraz większą spójność i efektywność poszczególnych etapów uruchamiania operacji reagowania kryzysowego UE. Według założeń, powstanie nowego Dyrektoriatu nie powinno osłabić potencjału CPCC oraz EUMS. Reforma przewiduje także stworzenie mobilnej grupy ekspertów (wyznaczanych przez poszczególne komórki Sekretariatu Rady UE), którzy będą mogli zostać rozlokowani m.in. w ramach wyznaczonego dowództwa operacyjnego (Operational Headquarter)  lub w rejonie operacji. Implementacja koncepcji zmian strukturalnych rozpoczęła się w styczniu 2009 r. Nowy system planowania i zarządzania został już w istocie „przetestowany”, z pozytywnym wynikiem, w trakcie przygotowań do unijnej operacji w Gruzji.

Najważniejsze decyzje w ramach EPBiO zapadają na spotkaniach Rady UE w formacie Ministrów Spraw Zagranicznych lub Ministrów Obrony. Strategiczne kierunki współpracy w UE w obszarze bezpieczeństwa i obrony określane są jednomyślnie przez państwa członkowskie na spotkaniach Rady Europejskiej. Ciało to spotyka się przynajmniej dwa razy w roku, w formacie szefów państw i rządów.