Lata dziewięćdziesiąte XX w. przyniosły znaczące zmiany w stosunkach międzynarodowych i zaowocowały między innymi nowym postrzeganiem bezpieczeństwa europejskiego. Rozpad Związku Radzieckiego i związanego z nim bloku państw wyeliminował w praktyce groźbę zmasowanego ataku na wszystkich frontach europejskich NATO. Konflikt zbrojny w skali globalnej stał się z końcem „zimnej wojny" mało prawdopodobny, a większego znaczenia nabrały konflikty lokalne. Rozpad Jugosławii stał się przyczyną wybuchu konfliktów, które mogły grozić destabilizacją całej Europy. Uwarunkowania te stały się impulsem do dyskusji, która doprowadziła do powołania Unii Europejskiej ze Wspólną Polityką Zagraniczną i Bezpieczeństwa (Common Foreign and Security Policy) jako jednym z jej filarów. Traktat z Maastricht z 1992 r. precyzował, że polityka ta prowadzić może do powołania wspólnej polityki obronnej, a w przyszłości także do utworzenia wspólnej obrony – jeżeli państwa członkowskie podejmą taką decyzję.

Koncepcja Europejskiej Tożsamości w dziedzinie Bezpieczeństwa i Obrony

Równolegle w ramach Sojuszu Północnoatlantyckiego toczyła się dyskusja nad przyszłością bezpieczeństwa euroatlantyckiego i adaptacją NATO do nowych warunków, w których kluczowego znaczenia nabierały zdolności reagowania kryzysowego. Sojusznicy zdecydowali się na polityczno-wojskowe umocnienie europejskiego filaru NATO. Od szczytu Sojuszu w styczniu 1994 r. tzw. Europejska Tożsamość w dziedzinie Bezpieczeństwa i Obrony (European Security and Defence Initiative) stała się formalnie integralną częścią procesu transformacji Sojuszu. Państwa NATO zdecydowały o podjęciu prac umożliwiających Europejczykom (wówczas Unii Zachodnioeuropejskiej – UZE) prowadzenie w przyszłości operacji wojskowych przy użyciu sił, zasobów i infrastruktury NATO. Ostateczna polityczna decyzja o rozwoju tej koncepcji w ramach Sojuszu zapadła na spotkaniu ministerialnym w Berlinie (czerwiec 1996 r.).

Francusko – brytyjska deklaracja z Saint-Malo (grudzień 1998 r.)

Nowym, istotnym impulsem dynamizującym w ramach UE dyskusję na temat europejskiej obrony było przyjęcie przez Francję oraz Wielką Brytanię, w grudniu 1998 r., tzw. deklaracji z Saint-Malo. Jej efektem było przyspieszenie procesów politycznych i zainicjowanie wielopłaszczyznowej dyskusji, której zakres tematyczny wykroczył poza dotychczasowe rozumienie idei ESDI jako operacyjnego wzmocnienia europejskiego filaru NATO. Znalazło to swoje odzwierciedlenie na szczycie NATO w Waszyngtonie (kwiecień 1999 r.), gdzie potwierdzono zakończenie prac nad zasadniczymi elementami ESDI. Jednocześnie, uznając ambicje państw UE do prowadzenia bardziej samodzielnej polityki w zakresie bezpieczeństwa, zgodzono się co do konieczności dalszego rozwoju tej idei, z uwzględnieniem możliwości przejęcia przez UE zasadniczych funkcji UZE, której przypisano zadanie realizacji tzw. misji petersberskich (Petersberg tasks), obejmujących akcje humanitarne i ratownicze, misje utrzymywania pokoju oraz misje zarządzania kryzysowego wraz z przywracaniem pokoju. Na mocy Traktatu Amsterdamskiego z 1997 r. misje petersberskie UZE włączone zostały do katalogu zadań UE.

Decyzje szczytów Rady Europejskiej w Kolonii (czerwiec 1999 r.) i w Helsinkach (grudzień 1999 r.).

Pojęcie Europejskiej Polityki Bezpieczeństwa i Obrony (European Security and Defence Policy – ESDP) formalnie po raz pierwszy pojawiło się na posiedzeniu Rady Europejskiej w Kolonii (czerwiec 1999 r.). UE rozpoczęła intensywne prace nad stworzeniem odpowiednich instytucji i środków pozwalających jej na prowadzenie tzw. autonomicznych operacji kryzysowych w sytuacji, gdyby Sojusz Północnoatlantycki, jako całość, nie był zainteresowany zaangażowaniem w rozwiązanie konkretnego konfliktu. Decyzje o charakterze normatywnym, prowadzące do faktycznego rozwoju EPBiO w ramach II filaru UE (Wspólna Polityka Zagraniczna i Bezpieczeństwa – WPZiB) zawarte zostały w raporcie przyjętym na szczycie UE w Helsinkach (grudzień 1999 r.). Postanowienia kolejnej Rady Europejskiej w Santa Maria da Feira, przyjęte w czerwcu 2000 r., stworzyły ramy współpracy UE w zakresie EPBiO z państwami trzecimi, w tym z europejskimi członkami NATO, nie należącymi do UE. Na szczycie UE w Laeken w grudniu 2001 r. ogłoszono częściową operacyjność EPBiO.

Zmiany wprowadzone przez Traktat z Lizbony

1 grudnia 2009  r. wszedł w życie Traktat Lizboński, który zniósł trójfilarową strukturę Unii Europejskiej. Postanowienia dotyczące WPBiO znalazły się w V rozdziale TUE.  Najistotniejsze rozwiązania w tym obszarze to:

1. Wprowadzenie w art. 42 Europejskiej Polityki Bezpieczeństwa i Obrony (pojęcie to nigdy wcześniej nie pojawiało się w Traktatach) do tekstu Traktatu w nowej postaci jako Wspólnej Polityki Bezpieczeństwa i Obrony.
2. Potwierdzenie zobowiązania do stopniowego kształtowania wspólnej polityki obronnej, która może prowadzić do wspólnej obrony, jeśli Rada Europejska, stanowiąc jednomyślnie, tak zadecyduje. Zapis ten przypomina, że jednomyślność pozostaje normą w obszarze WPBiO.
3. Zobowiązanie do udostępniania przez państwa członkowskie wojskowych i cywilnych zdolności (w tym sił wielonarodowych) w celu realizacji WPBiO.
4. Umieszczenie w tekście Traktatu paragrafów (art. 42.3 i 45) dot. funkcjonującej już wcześniej Europejskiej Agencji Obrony (European Defence Agency – EDA), która określa wymogi operacyjne i wspiera środki ich realizacji, bierze udział w określaniu europejskiej polityki w zakresie zdolności i uzbrojenia, wspomaga Radę w ocenie poprawy zdolności wojskowych oraz wzmacnia bazę przemysłową i technologiczną sektora obrony.
5. Potwierdzenie w art. 42.4 zasady i praktyki jednomyślności w sprawach dotyczących obronności, w tym w przypadku decyzji dot. podjęcia misji. Jednomyślna decyzja może być podjęta na wniosek Wysokiego Przedstawiciela UE ds. Zagranicznych i Polityki Bezpieczeństwa lub z inicjatywy państwa członkowskiego. Ostatnie zdanie w tym paragrafie zmierza do zapewnienia większej spójności między instrumentami unijnymi a państwami członkowskimi: „Wysoki Przedstawiciel może zaproponować, w stosownych przypadkach wspólnie z Komisją, użycie zarówno środków krajowych, jak i instrumentów Unii”.
6. Danie możliwości tym państwom, które spełniają wyższe kryteria zdolności wojskowej i które zaciągnęły w tej dziedzinie dalej idące zobowiązania mając na względzie najbardziej wymagające misje, ustanowienia stałej współpracy strukturalnej w ramach Unii (Permanent Structured Cooperation – PESCO).
7. Powierzenie wykonania misji grupie państw członkowskich. Wykonanie takiej misji reguluje art. 44.
8. Wprowadzenie w art. 42.7 „klauzuli wzajemnej pomocy i wsparcia” w przypadku zbrojnej agresji.
9. Poszerzenie zakresu tzw. Zadań Petersberskich, dla realizacji których WPBiO została powołana. Zadania te obejmują: „wspólne działania rozbrojeniowe, misje humanitarne i ratunkowe, misje wojskowego doradztwa i wsparcia, misje zapobiegania konfliktom i utrzymywania pokoju, misje zbrojne służące zarządzaniu kryzysowemu, w tym misje przywracania pokoju i operacje stabilizacji sytuacji po zakończeniu konfliktów.
10. Wprowadzenie klauzuli solidarności (Część V Tytuł VII, artykuł 222 Traktatu o Funkcjonowaniu Unii Europejskiej) w przypadku ataku terrorystycznego, klęski żywiołowej lub katastrofy spowodowanej przez człowieka. Idea klauzuli narodziła się w wyniku ataków terrorystycznych w Madrycie w 2004 r. 
11. Legitymacja parlamentarna i nadzór Parlamentu Europejskiego nad obszarem WPZiB/WPBiO zostały zagwarantowane poprzez: art. 36 Traktatu o Unii Europejskiej odnoszący się do roli Parlamentu Europejskiego, jego rolę w procedurze budżetowej oraz Protokół nr 1 dotyczący roli Parlamentów Narodowych.