Operacja jest odpowiedzią NATO na liczne rezolucje Rady Bezpieczeństwa ONZ w sprawie wzrastającego zagrożenia atakami pirackimi u wybrzeży Somalii. Rozpoczęła się 26 marca 2009 r. i realizowana jest przez grupę SNMG (Standing NATO Maritime Group), stanowiącą część Sił Reagowania NATO (NATO Response Force). Siły Sojuszu współpracują z unijną operacją ATALANTA, koalicją CTF-151 (Combined Task Force - 151) oraz państwami działającymi niezależnie w rejonie operacji.
Operacja Allied Protector nie jest pierwszym działaniem antypirackim Sojuszu. Od 23 października do połowy grudnia 2008 r. w rejonie Zatoki Adeńskiej prowadzona była operacja Allied Provider, w ramach której sojusznicze siły eskortowały statki Światowego Programu Żywnościowego przewożące pomoc humanitarną dla ludności Somalii oraz pełniły funkcję odstraszającą.
