Atak terrorystyczny na WTC, poza wsparciem moralnym okazanym USA przez UE, skutkował podjęciem przez Unię szeregu kroków służących zapobieganiu i zwalczaniu terroryzmu, także na arenie międzynarodowej. W dniu 3 grudnia 2003 r. Unia Europejska przyjęła Europejską Strategię Bezpieczeństwa – The European Security Strategy, zaliczającą terroryzm – obok proliferacji BMR, konfliktów regionalnych, upadku państw (np. Afganistanu pod rządami Talibów) i przestępczości zorganizowanej – do największych zagrożeń dla bezpieczeństwa europejskiego. Zamachy terrorystyczne w Madrycie w 2004 r. i w Londynie w 2005 r. spowodowały, że UE wzmocniła swoje zaangażowanie w walce z terroryzmem. W 2004 r. Rada Europejska przyjęła Deklarację nt. Walki z Terroryzmem – The Declaration on Combating Terrorism sumującą wszystkie dotychczasowe inicjatywy UE dotyczące terroryzmu. Istotną częścią tego dokumentu jest załącznik, w którym są wyszczególnione, zaktualizowane cele dotychczasowego Planu Działania ws. Zwalczania Terroryzmu – The Action Plan on Combating Terrorism – pierwszy został przyjęty we wrześniu 2001 r. W 2005 r. Rada Europejska przyjęła Strategię ws. Zwalczania Terroryzmu - The EU Counter-Terrorism Strategy, która zobowiązała UE do zwalczania – z poszanowaniem praw człowieka – terroryzmu na całym świecie tak, aby jej obywatele mogli żyć w przestrzeni wolności, bezpieczeństwa i sprawiedliwości. Również w 2005 r. Rada Europejska przyjęła dokument pn. Strategia w Sprawie Zwalczania Radykalizacji Postaw i Rekrutacji do Organizacji Terrorystycznych - The European Union Strategy for Combating Radicalisation and Recruitment to Terrorism. Główne obszary rozwoju współpracy w wymiarze sprawiedliwości i spraw wewnętrznych w ramach UE oraz z państwami trzecimi określa Program Sztokholmski na lata 2010-2014. Jego celem jest ułatwienie wspólnych działań policji i innych służb w całej Unii Europejskiej.
Podstawą antyterrorystycznej polityki UE pozostaje efektywny multilateralizm. W tym kontekście UE prowadzi intensywny dialog z krajami trzecimi oraz organizacjami regionalnymi promując przyjęte przez ONZ dokumenty dot. walki z terroryzmem. Kwestie te są nieodłączną częścią stosunków zewnętrznych UE m.in. poprzez odpowiednie włączanie klauzul antyterrorystycznych w porozumieniach z krajami trzecimi.
UE angażuje się wraz z innymi organizacjami międzynarodowymi i regionalnymi w poszukiwanie synergii i zapewnienie komplementarności sposobów postępowania. W związku z tym nawiązano kontakty z NATO i Unią Afrykańską (UA). Ponadto kwestia walki z terroryzmem zajmuje istotne miejsce w działaniach UE w ramach inicjatyw regionalnych, w tym EUROMED (państwa basenu Morza Śródziemnego). Kwestia zwalczania terroryzmu znajduje się również w programie kontaktów UE w ramach inicjatywy ASEM – The Asia-Europe Meeting i kontaktów z ASEAN.
Wybrane instytucje i struktury Unii Europejskiej zajmujące się kwestiami walki z terroryzmem:
Rada Unii Europejskiej podejmuje wszelkie istotne decyzje odnoszące się m.in. do przeciwdziałania i zwalczania terroryzmu oraz zapobiegania finansowaniu terroryzmu. Przyjęte przez Radę UE dokumenty o charakterze prawnym, opublikowane w Dzienniku Urzędowym Unii Europejskiej mają moc obowiązującą we wszystkich państwach członkowskich UE. Funkcję monitorującą ich stosowanie przez kraje UE pełni Sekretariat Generalny Rady UE jako organ doradczy Rady UE w zakresie walki z terroryzmem.
W odpowiedzi na zamachy bombowe w Madrycie (25 marca 2004 r.), w ramach UE powołano Koordynatora ds. Zwalczania Terroryzmu – The Counter-Terrorism Coordinator (CTC). Stanowisko CTC zostało umiejscowione w Sekretariacie Generalnym Rady UE. Zadaniem Koordynatora jest wzmacnianie i koordynacja wszystkich instrumentów znajdujących się w dyspozycji UE oraz monitoring implementacji Strategii na Rzecz Zwalczania Terroryzmu UE.
Wewnątrz Sekretariatu Generalnego Rady Unii Europejskiej od 2001 r. działa także Wspólne Centrum Sytuacyjne - The Joint Situation Center (SITCEN), do którego głównych zadań należy merytoryczne wspieranie Komitetu Politycznego i Bezpieczeństwa - The Political and Security Committee (PSC). SITCEN jest odpowiedzialne za wymianę i analizę informacji wywiadowczych dotyczących zagadnień bezpieczeństwa wewnętrznego i zewnętrznego, w tym terroryzmu.
W obszarze wspólnej polityki zagranicznej i bezpieczeństwa UE (dawny II filar) instytucjami zajmującymi się problematyką terroryzmu są:
¨ Wysoki Przedstawiciel UE do Spraw Wspólnej Polityki Zagranicznej i Bezpieczeństwa - The High Representative of the Union for Foreign Affairs and Security Policy
¨ Rada ds. Zagranicznych – The Foreign Affairs Council
¨ Komitet Polityczny i Bezpieczeństwa - The Political and Security Committee (PSC),
¨ Pozioma Grupa Robocza ds. Terroryzmu – The Working Party on Terrorism - International Aspects (COTER),
¨ Grupa Robocza dot. Stosowania Szczególnych Środków w Zwalczaniu Terroryzmu - The Common Position 931 Working Party (CP 931 WP) on the application of specific measures to combat terrorism,
¨ Komitet ds. Przeglądu Listy wg. Rozporządzenia Rady UE 881/2002 dot. Al-Kaidy i Talibów - The Committee for Review of Listings under Regulation 881/2002 of 27 May 2002 imposing certain specific restrictive measures directed against certain persons and entities associated with Usama bin Laden, the Al-Qaida network and the Taliban.
W przestrzeni wolności, bezpieczeństwa i sprawiedliwości (dawny I i III filar) instytucjami zajmującymi się problematyką przeciwdziałania i zwalczania terroryzmu są:
¨ Rada Sprawiedliwości i Spraw Wewnętrznych - The Justice and Home Affaires Council (JHA), koordynująca współpracę w tym obszarze, m.in. w zakresie rozwiązywania problemów nielegalnej imigracji, przestępczości zorganizowanej, terroryzmu i patologii społecznych,
¨ Komitet Bezpieczeństwa Wewnętrznego - The Internal Security Committee (COSI),
¨ Komitet Koordynacyjny ds. Współpracy Policji i Sądowej w Sprawach Karnych (Komitet art. 36 Traktatu UE) - The Article 36 Committee (CATS),
¨ Grupa Robocza ds. Terroryzmu - The Working Party on Terrorism (WPT),
¨ Grupa Robocza ds. Ochrony Cywilnej - The Working Party on Civil Protection (WPCP),
¨ Strategiczny Komitet ds. Migracji, Granic i Azylu - The Strategic Committee on Immigration, Frontiers and Asylum (SCIFA),
¨ Grupa Robocza ds. WSiSW-RELEX – JAIEX Group (wcześniej - JHA-RELEX Ad Hoc Support Group) służąca wymianie informacji i koordynacji działań grup roboczych operujących w obu obszarach.
Spośród niezależnych agencji UE zajmujących się m.in. przeciwdziałaniem i zwalczaniem terroryzmu należy wymienić EUROPOL, EUROJUST oraz w pewnym zakresie FRONTEX.
Ważnym forum współpracy poza strukturami Unii Europejskiej jest Grupa Antyterrorystyczna - The Counter Terrorism Group (CTG), zapewniająca koordynację działań służb specjalnych państw UE oraz Szwajcarii i Norwegii. CTG została utworzona w 2001 r. i składa się z 29 podmiotów/służb. Od 2004 r. CTG ma swoich przedstawicieli w SITCEN, ponadto współpracuje z Europolem. Partnerami CTG są także odpowiednie służby USA oraz w zależności od potrzeb - wybranych krajów Maghrebu, Bliskiego Wschodu i Azji.
Współpraca poza UE jest również prowadzona w ramach Grupy G-6, zrzeszającej szefów resortów Spraw Wewnętrznych, Francji, Hiszpanii, Niemiec Wielkiej Brytanii, Włoch oraz Polski. Celem G-6 jest współdziałanie w dziedzinach szczególnie istotnych dla bezpieczeństwa wewnętrznego, w tym w zakresie zagrożeń terrorystycznych. Polska dołączyła do tej Grupy w marcu 2006 r. We wrześniu 2007 r. Polska objęła przewodnictwo w grupie G-6, w trakcie którego w październiku 2007 r. w Sopocie przyjęto wspólną deklarację dot. zacieśniania współpracy m.in. na rzecz zwalczania terroryzmu i przestępczości zorganizowanej.